Die Arbeitsgemeinschaft Notfallmedizin e. V. wurde am 01.09.1994 in Paderborn gegründet und als eingetragener Verein beim Amtsgericht Paderborn registriert. Anfänglich hieß der Verein "Arbeitsgemeinschaft Notfallmedizin Paderborn e. V.". Wegen späterer Expansion über den Kreis Paderborn hinaus entfiel der Ortszusatz.
Anlass zur Schaffung eines neuen Vereins war die Überlegung, notfallmedizinisch tätigen Personen ein gemeinsames Forum zu bieten. Unabhängig von Berufsstand oder Organisationsangehörigkeit fanden sich Rettungsdienstler wie Rettungssanitäter, -assistenten und Notärzte, Personen aus medizinischen Einrichtungen wie Krankenhäusern oder Arztpraxen, andere an Notfalleinsätzen beteiligten Personen, wie Feuerwehrleute oder Polizisten als auch an Notfallmedizin interessierte Personen, zusammen.
Ab 1995 wurden erste Fortbildungen für Rettungsdiensttätige sowie Veranstaltungen für die Öffentlichkeit zur Verbesserung der Einschätzung von Notfallsituationen angeboten. Zusätzlich publizierten Vereinsmitglieder Artikel in verschiedenen Zeitungen und Zeitschriften mit gleicher Intention. Seit diesem Zeitpunkt ist die AGN e. V. ein kontinuierlicher Anbieter von Weiterbildungsmaßnahmen und öffentlichen Terminen, an denen bis heute viele tausende Personen teilgenommen haben.
Seit 01.01.1997 beteiligt sich der Verein an der Besetzung der Rettungswache Salzkotten in Zusammenarbeit mit dem Kreis Paderborn. Im Rahmen der rettungsdienstlichen Bedarfsplanung im Kreis Paderborn forcierte die AGN e. V. die Neuschaffung der Rettungswachen Bad Lippspringe und Borchen. Zusätzlich wurde im gleichen Zusammenhang die Notarztwache Hövelhof neu installiert, die seit 01.08.1998 vom Verein in Kooperation mit einer großen allgemeinmedizinischen Gemeinschaftspraxis betrieben wird.
Im Laufe des Jahres 2000 stellte die Arbeitsgemeinschaft ihre erste Website der Öffentlichkeit vor. Im gleichen Jahr begannen Planungen für eine praktisch und theoretisch ausgerichtete notfallmedizinische Großveranstaltung mit Industriebeteiligung. Erstmalig wurde der daraufhin ins Leben gerufene Workshop Rettungsmedizin am 28.01.2002 im Heinz Nixdorf Museums-Forum ausgerichtet. Mittlerweile wurden wiederholte Workshops mit jeweils Hunderten von Teilnehmern aus verschiedenen Kreisen und Bundesländern veranstaltet.
Die erste vereinseigene Notarztwache außerhalb des Kreises Paderborn richtete die AGN e. V. Anfang 2003 im Kreis Gütersloh ein. Der Notarztdienst wird dort im Wechsel an den Standorten Harsewinkel und Versmold versehen.
Zum 01.04.2011 wird die Notarztwache Harsewinkel, nach einer Ausschreibung des Kreises Gütersloh im Jahr 2010, durch einen anderen Betreiber mit Fahrzeug und nicht-ärztlichem Personal besetzt.
Seit 2009 besetzt die AGN e.V. den Notarztstandort Salzkotten mindestens an jedem zweiten Wochenende (Freitagabend bis Montagmorgen) im Auftrag des St.-Josefs-Krankenhaus Salzkotten mit einem Notarzt. Damit unterstützt die AGN e.V. die seit 1997 bestehende rettungsdienstliche Abdeckung des Kreises Paderborn im Einsatzgebiet Salzkotten nun auch um den notärztlichen Teil.